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O GS3 Cross Validation (GS3-CV) é um aplicativo multiplataforma que implementa a técnica de validação cruzada para melhorar a habilidade do software GS3 em predizer os valores genômicos dos animais (GBVs) de uma população. O GS3 foi desenvolvido para avaliação genômica ampla, podendo utilizar os modelos BLUP Genômico (ou G-BLUP), Bayesian Lasso e Bayes Cpi. Distribuído sob a licença GNU, são disponibilizados o código-fonte e os arquivos executáveis para os sistemas Windows e Linux. O GS3 é executado por linha de comando, informando o caminho do arquivo de parâmetros.

O GS3-CV foi desenvolvido em Perl, viabilizando a sua execução em diferentes plataformas. A única pré-condição para seu funcionamento é a instalação do interpretador da linguagem na plataforma de execução. Para a execução do GS3-CV devem ser informados quatro parâmetros por linha de comando: o arquivo de parâmetros definido pelo GS3; o número de iterações do GS3-CV; o número de observações a serem retiradas dos arquivos de dados e genótipos; e um flag binário (0-não; 1-sim) indicando a criação dos arquivos com as observações excluídas.